Вопрос: что написать в App.exe.config для того что-бы указать приложению использовать ТОЛЬКО .NET Framework конкретной версии, например 2.0.40607 ?

<configuration>
  <startup>
    <!-- Тут - номер нужной версии -->
    <supportedRuntime version="v2.0.40607" />
  </startup>
</configuration>

Подробнее читайте тут: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/w4atty68.aspx